Ziel der Fusionsrichtlinie ist eine Vereinfachung grenzüberschreitender Umstrukturierungen, insbesondere innerhalb von Konzern- und Holdingstrukturen.

Typische Anwendungsfälle sind Fusionen, Einbringungen, Spaltungen, grenzüberschreitende Sitzverlegungen sowie die Umwandlung von Betriebsstätten in Tochtergesellschaften. Werden im Zuge solcher Vorgänge von einem Unternehmen Vermögenswerte und Verbindlichkeiten zu einem oder mehreren anderen Unternehmen in einem anderen EU-Mitgliedstaat übertragen, gewährt die Richtlinie unter bestimmten Voraussetzungen mittels Buchwertverknüpfung eine Steuerstundung. In Deutschland wurde diese Richtlinie im UmwStG (§§ 20, 23) und im SEStEG umgesetzt.